Martin Lindner ist seit 2010 Professor für die Didaktik der Biologie an der MLU. Davor war er am Leibniz-Institut für die Didaktik der Naturwissenschaften und Mathematik, an der Universität Flensburg und im Bildungsministerium in Schleswig-Holstein tätig, außerdem war er 10 Jahre Lehrer an einem Gymnasium in Schleswig-Holstein. Seit dem Sommersemester 2022 ist er im Ruhestand.
Die Forschungstätigkeit liegt im Bereich der Outdoor-Education und bei MINT, also der Förderung der sogenannten Scientific Literacy durch Bildungsvorhaben, die sowohl die Schulfächer Mathematik und Naturwissenschaften, als auch technische Anwendungen umfassen. Hier werden besonders auch Projekte mit geflüchteten Jugendlichen durchgeführt. Seit vielen Jahren bereitet er mit den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der Abteilung ein Labor für Schülerinnen und Schüler im MINT-Bereich vor. Einzelne Projekte in Halle, zum Beispiel beim Silbersalz-Festival oder dem Forschungsschiff Make Science Halle sind bereits verwirklicht. Für das Lehr-/Lern-Labor besteht eine Vernetzung mit anderen möglichen Trägern, zum Beispiel der Saline-Sommer-Akademie und der Stadtverwaltung von Halle.
Die internationale Tätigkeit umfasst Projekte auf EU-Ebene, aber auch Zusammenarbeiten mit Kolleginnen und Kollegen aus Südafrika, Ägypten, Nepal, der Türkei und Ecuador. Regelmäßig sind Gäste aus diesen Ländern zum Gedankenaustausch und zu gemeinsamen Forschungs- und Lehrprojekten in Halle.
In der Lehre wird stark auf Projektarbeit gesetzt. Die Vermittlung der Ergebnisse wissenschaftlicher Forschungsergebnisse, besonders in der Bildung für nachhaltige Entwicklung, ist Gegenstand vieler Projekte durch Studierende der höheren Fachsemester und von Dissertationen.